Die Tierhaltung im Augsburger Zoo steht erneut im Zentrum der Kritik. Einige Stadträte und Tierschützer beanstanden die Bedingungen für die Schimpansen sowie bestimmte Wasservögel. Argumentiert wird, die Gehege seien zu klein und unzeitgemäß.
Stadtrat Roland Wegner (V-Partei) bezeichnet den Zoo scharf als „Foltergefängnis“ und erklärt, die „Tierausbeutung“ sei mit dem Selbstverständnis Augsburgs als Friedensstadt unvereinbar. Tatsächlich unterschreitet die Innenanlage der Schimpansen mit knapp 90 Quadratmetern die Mindestanforderungen für die Haltung von Menschenaffen.
Als Reaktion auf frühere Kritik wurde die Außenanlage der Schimpansen bereits für rund 900.000 Euro modernisiert. Zudem ist festgelegt, dass die Schimpansenhaltung im Augsburger Zoo beendet wird, sobald die derzeitigen Individuen Coco, Nici und Akemo verstorben sind.
Auch die Haltung einiger Wasservögel im Zoo wird kritisiert, da diese gestutzte Flügel aufweisen. Dies war vor einigen Jahren noch legal, hat sich seitdem jedoch geändert.